- Apacilagua
- Choluteca
- Ciudad Choluteca
- Concepción de María
- Corpus
- Duyure
- El Corpus
- El Obraje
- El Puente
- El Triunfo
- Los Llanitos
- Marcovia
- Monjarás
- Morolica
- Namasigüe
- Orocuina
- Pespire
- San Antonio de Flores
- San Isidro
- San Jerónimo
- San José
- San José de Las Conchas
- San Marcos de Colón
- Santa Ana de Yusguare
- Santa Cruz